La reparación de la interrupción del arco aórtico (IAA) sucede en el periodo neonatal.  En la mayoría de los casos, el pronóstico después de la reparación es excelente.  No aplican restricciones de actividad física o en el estilo de vida.  Sin embargo, como casi siempre hay otros defectos cardiacos asociados, el tratamiento y el seguimiento se verán afectados por su presencia.

Ocasionalmente, se requerirá una re-operación por problemas recurrentes o por la aparición de nuevos problemas después de la cirugía. Por ejemplo, la estenosis (estrechamiento) puede desarrollarse en el arco aórtico cerca del sitio de la reparación o en el tracto de salida del ventrículo izquierdo dentro del corazón (en la válvula aórtica o cerca de ésta). También, puede haber defectos septales residuales que requieren cierre quirúrgico.  En algunos casos, este cierre se puede realizar a través de un cateterismo cardiaco.

Estos pacientes requieren tratamiento con antibióticos, para evitar la endocarditis infecciosa (infección del interior del corazón, en músculos o válvulas), antes de procedimientos quirúrgicos donde están indicados.