Los síntomas que se asocian con este defecto varían mucho, algunas veces se presentan incluso antes del nacimiento y, en otras ocasiones, no se detecta el defecto hasta la etapa adulta, ya que, por muchos años, el individuo puede presentar solo síntomas leves. Rara vez, la persona puede llegar a la tercera edad sin que se le haya hecho el diagnóstico de la malformación de Ebstein.

Las personas a las que se les diagnostica este defecto cardiaco después de la adolescencia, usualmente ya han desarrollado una o varias de las siguientes manifestaciones clínicas: corazón grande, arritmia cardiaca (usualmente debido a la aurícula derecha muy dilatada), soplo cardiaco, algún grado de cianosis (color morado de la piel causado por una disminución en el contenido de oxígeno de la sangre arterial) y/o disminución en la habilidad para tolerar la actividad física. 

Cuando el cardiólogo sospecha que el individuo puede tener  anomalía de Ebstein,  le hará una serie de exámenes como el electrocardiograma (ECG), la radiografía de tórax, la resonancia magnética y/o el ecocardiograma bidimensional. El algunos casos, también será necesario realizarle un cateterismo cardiaco. También, puede que se le realice una prueba de esfuerzo ya que puede ayudar a evaluar el grado de disfunción cardiaca.

En los adultos que presentan síntomas severos debido a este defecto, se recomienda realizar el tratamiento quirúrgico. En algunos casos, el cirujano tendrá que reemplazar la válvula tricúspide. Los pacientes con arritmias cardiacas necesitarán tratamiento especializado (vea la siguiente página).

Usualmente, el pronóstico después de la cirugía es muy bueno, por lo que se espera que el paciente aumente su tolerancia al ejercicio y que experimente una disminución dramática, o la desaparición, de los síntomas asociados a este defecto. Algunos de los  pacientes con reemplazo de la válvula tricúspide van a necesitar un nuevo recambio de la válvula posteriormente. Sin embargo, la válvula protésica puede durar varias décadas.